AWSインスタンスへscpコマンドを利用してファイルを受け渡しします。
ec2のアドレスはインスタンス管理画面から"接続"を選択すれば確認できます。
ubuntuの箇所はインスタンスのOSによって変える必要があると思います。
ファイルのダウンロード
scp -i 'pemファイル' ubuntu@ec2アドレス.リージョンcompute.amazonaws.com:/home/ubuntu/foo.file /ローカル/bar/
ファイルのアップロード
scp -i 'pemファイル' /ローカル/foo.file ubuntu@ec2アドレス.リージョン.compute.amazonaws.com:/home/ubuntu/アップロード場所
-rオプションでフォルダごと移せます。
scp -r -i 'pemファイル' /ローカル/foo/ ubuntu@ec2アドレス.リージョン.compute.amazonaws.com:/home/ubuntu/アップロード場所
scpってssh+cpって意味なんですって。